元培醫事科技大學醫務管理系為學校創立三科系之一，為台灣醫務管理教育之先驅，一直秉持為醫療健康產業界培育專業人才之重要任務。本校創辦人蔡炳坤先生，早年留學日本，秉其個人理想與努力，鑽研放射技術，成就卓然。民國51年，蔡創辦人遠赴歐美考察各國放射醫學教育，歸國之後，有感於國內核子醫學研究與發展的需要，並為實現其「培養國家醫事技術專才，以配合整體科技發展，迎頭趕上歐美科技水準」的理想，乃於民國53年11月8日，獨資創辦我國教育史上第一所醫事技術專科學校—元培醫事技術專科學校。在創校人宏遠的辦學理念下，本校建校之始即以培養「醫事技術人員」、「提昇社會醫療品質與水準」、「促進全民保健」與「重視預防醫學」為創校目的。基於此背景，本系設立至今至今已培養6千餘名醫院管理與衛生行政的專業人才。

民國88年8月本校改制為學院後，本系即於民國89學年度招收日間部及進修部二技學生，而本校五專部應屆畢業生中約有三分之一以上繼續就讀，故在幾年內我國醫務管理人員的基本學歷均已提升至大學學歷，在實務與專業知識的結合均有顯著進步。而本系於90學年度停招五專部學生並設置日四技，並於99學年度設立健康產業管理研究所，而後於101學年度核定系所合一，調整為「醫務管理系(含碩士班)」，104學年度核准設立碩士在職專班；而進修部二技因應生源的衰退，於106學年度停止招生，同年度因應產業需求及系所發展，四技申請獲准分系組，區分為「醫療產業管理組」及「健康管理組」。本系目前學制包含大學部四技及碩士班暨碩士在職專班。